民國初期屬由義區(qū)管轄。
民國28年屬谷城縣4區(qū)薤北鄉(xiāng)管轄。
1949年高廟村屬谷城縣8區(qū)管轄。
1951年屬紫金區(qū)管轄。
1956年中股嶺鄉(xiāng)大坡、邵家坪、高廟等村聯(lián)合成立高級社，取名“聯(lián)盟社”。
1958年人民公社化時期改名為聯(lián)盟大隊，屬紫金公社管轄。
1984年“政社分設(shè)”，改名為高廟村，成立村民委員會。
1985年劃入薤山林場一分場管轄。
2000年，谷城縣薤山旅游度假區(qū)成立，高廟村歸薤山旅游度假區(qū)管轄。
2002年原聯(lián)運站村、黃瓜河村并入高廟村。