原東余店村：明朝嘉靖年間屬仁義鄉(xiāng)；清朝康熙年間屬惠育鄉(xiāng)；民國(guó)時(shí)期屬大中鄉(xiāng)；1949年屬京橋區(qū)；1956年為四合社，屬?gòu)V水區(qū)東余店鄉(xiāng)；1958年成立人民公社，為四合大隊(duì)，屬東風(fēng)公社東余店管理區(qū)；1959年為四合大隊(duì)，屬?gòu)V水公社東余店管理區(qū)；1961年恢復(fù)區(qū)（鎮(zhèn)）建制，為四合大隊(duì)，1970年改為四新大隊(duì)，屬楊寨區(qū)東余店公社；1975年撤區(qū)并社，為四新大隊(duì)，屬楊寨公社；1980年更名為東余店大隊(duì)，屬楊寨公社東余店管理區(qū)；1983年設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，原東余店大隊(duì)分為余店村和湖嘴村，為余店村，屬楊寨區(qū)東余店鄉(xiāng)；1987年撤區(qū)并鄉(xiāng)，為東余店村，屬楊寨鎮(zhèn)。
原湖嘴村：1983年設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，原東余店大隊(duì)分為余店村和湖嘴村，為湖嘴村，屬楊寨區(qū)東余店鄉(xiāng)；1987年撤區(qū)并鄉(xiāng)，為湖嘴村，屬楊寨鎮(zhèn)。
2004年撤村并村，東余店村與湖嘴村合并為余店村，屬楊寨鎮(zhèn)至今。