唐朝時(shí)薛丁山這妻樊梨花曾在此山扎營巡邏，留下馬蹄印而得名；清時(shí)設(shè)馬嘶山塘，歸正北路所轄。
后改保甲鄉(xiāng)里為團(tuán)，實(shí)行聯(lián)保甲制。
馬蹄山歸五區(qū)（兩河口）民團(tuán)所轄；民國20年（1931年）賀龍率紅三軍來房縣開辟均房蘇區(qū)，建立蘇維埃政權(quán)，設(shè)馬蹄鄉(xiāng)長，機(jī)關(guān)住馬蹄山，歸大木區(qū)蘇維埃政府轄；1932年民國房縣偽政權(quán)復(fù)辟，區(qū)政府遭破壞；民國25年（1936年）五區(qū)設(shè)馬金洞，馬嘶山鄉(xiāng)歸五區(qū)所轄；民國24年（1935年）撤區(qū)鄉(xiāng)，恢復(fù)聯(lián)保制，設(shè)馬嘶山聯(lián)保歸五區(qū)（土城）轄；1949年全縣解放；1951年設(shè)馬蹄山生產(chǎn)大隊(duì)；1956年3月設(shè)大馬鄉(xiāng)，馬蹄山歸大馬管轄；1958年11月，根據(jù)中共中央關(guān)于農(nóng)村建立農(nóng)村人民公社的決定，馬蹄山大隊(duì)歸大馬管理區(qū)轄，屬通省公社管轄；1961年6月通省增設(shè)土城人民公社，歸土城區(qū)所轄；1975年3月撤區(qū)并社，歸土城公社管轄；1981年3月設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，馬蹄山村歸土城區(qū)大馬鄉(xiāng)管轄；1984年設(shè)立村民委員會，將土城區(qū)通省，馬蹄山，東浪，黃楊樹劃出組成通省鄉(xiāng)。
馬蹄山村歸能省鄉(xiāng)所轄；2003年合組并村，將原五條溝村，楊家山村，小河村，馬蹄村合并為為馬蹄山村委會。