清初，屬齊齊哈爾副都統(tǒng)轄地，清代中葉以后屬依克明安旗轄地，清朝晚期黑龍江將軍始放巴拜荒段，清光緒三十一年（1905），設(shè)巴拜荒務(wù)行局。
清光儲三十二年正月初八日（1906年2月1日），清廷批準(zhǔn)，設(shè)置拜泉縣，隸屬海倫直隸廳管轄，縣署初設(shè)太平山（今新生鄉(xiāng)興盛村），清光緒三十三年（1907）秋縣署遷至三道鎮(zhèn)，清光緒三十四年十月（1908年11月）遷駐新街基（今縣城）。
中華民國成立后，1914年6月，拜泉縣隸屬龍江道管轄。
1929年2月，撤銷道的建制后，改由省直轄。
東北淪陷后，初隸黑龍江省管轄，1934年12月劃歸龍江省，1939年6月劃歸新設(shè)之北安省管轄。
1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后，隸屬黑龍江省管轄，1956年3月劃歸嫩江專區(qū)管轄。
1960年5月至1961年10月，嫩江專區(qū)一度撤銷時，曾劃歸齊齊哈爾市領(lǐng)導(dǎo)。
1985年1月，嫩江地區(qū)撤銷后，劃歸齊齊哈爾市。