清代末年，屬東鄉(xiāng)。
1953年7月，建南屯鎮(zhèn)。
1958年，建光明公社。
1961年，析出，建南屯公社。
1984年，復(fù)為南屯鄉(xiāng)。
2013年12月，改置南屯鎮(zhèn)。
截至2011年末，南屯鎮(zhèn)轄南屯、杜村、宋家莊、大爐溝、小爐溝、亞家莊、馬圈、張家莊、黑山、胡家莊、金家莊、上溝、曹家莊、朱家莊、湖海15個村民委員會。
截至2020年6月，南屯鎮(zhèn)轄15個行政村，鎮(zhèn)人民政府駐南屯村。
2021年，將南屯鎮(zhèn)所轄的杜村1個村民委員會劃歸泉坊鎮(zhèn)管轄。