清康熙十二年(1673年)，木門店鎮(zhèn)境域始設(shè)木門鎮(zhèn)。
民國(guó)二年（1913年），屬青縣西區(qū)（辛集）。
民國(guó)三十六年（1947年），為青縣六區(qū)。
1953年，分屬木門店、崇仙、前吳召、前仔儀4鄉(xiāng)1957年7月，4鄉(xiāng)合并為木門店鄉(xiāng)、崇仙鄉(xiāng)。
1958年，為東方紅（曹寺）公社木門店管理區(qū)。
1961年，析出設(shè)木門店公社。
1984年3月，改為木門店鄉(xiāng)。
1985年3月，崇仙鄉(xiāng)改為鎮(zhèn)；12月，崇仙鎮(zhèn)、木門店鄉(xiāng)合并為木門店鎮(zhèn)。