清末，清水村隸南鄉(xiāng)平水里。
宣統(tǒng)三年（1911）廢里設(shè)區(qū)，清水村當(dāng)時隸遵義縣南四下區(qū)。
民國二十一年（1932）南四區(qū)改為第九區(qū)，清水村當(dāng)時隸遵義縣第九下區(qū)。
民國二十四年，清水村隸第九下區(qū)白果聯(lián)保。
民國二十五年（1936），縣區(qū)調(diào)整，第九上區(qū)、九下區(qū)與第六區(qū)合并成遵義縣第五區(qū)，清水村當(dāng)時隸第五區(qū)白果聯(lián)保。
民國三十年（1941）清水村當(dāng)時隸遵義縣團(tuán)溪區(qū)白果鄉(xiāng)。
民國三十八年（1949）11月，設(shè)遵義縣第四區(qū)（團(tuán)溪），尚嵇鎮(zhèn)隸第四區(qū)。
清水村當(dāng)時隸遵義縣第四區(qū)團(tuán)溪區(qū)。
1950年6月，第十三區(qū)改為遵義縣尚嵇區(qū)，清水村當(dāng)時隸遵義縣尚嵇區(qū)。
1951年，白果鄉(xiāng)劃回四區(qū)，清水村隸遵義縣第四區(qū)白果鄉(xiāng)。
1958年10月，尚嵇區(qū)改建為尚嵇基層人民公社，所轄清水鄉(xiāng)改為清水大隊。
1959年4月，清水大隊改為清水管理區(qū)。
1984年5月，系尚嵇區(qū)清水鄉(xiāng)。
1992年9月建鎮(zhèn)并鄉(xiāng)撤區(qū)，改建為尚嵇鎮(zhèn)清水村，2003年12月撤銷片區(qū)辦事處，團(tuán)山村、江林村合并為清水村。