1941年至1950年涌溪鄉(xiāng)設三保芽溪，1950年6月改保為村。
1953年4月，芽溪從涌溪鄉(xiāng)劃出，建立芽溪鄉(xiāng)公所。
轄芽溪、田壩、鼓樓坪3個村。
1958年改為芽溪生產(chǎn)大隊，隸屬芽溪公區(qū)。
1961年1月，撤銷芽溪工區(qū)，與涌溪工區(qū)合并為涌溪公社。
1963年，芽溪大隊，田壩大隊合并為芽溪大隊。
1984年9月芽溪大隊分為芽溪、田壩兩村。
2004年12月芽溪、田壩、鼓樓溪三個村合并為芽溪村，至2017年未改變。