漢為武陵郡無陽縣地。
唐置梓姜縣，屬獎州，后廢。
宋政和八年(1118)置邛水縣，屬思州。
宋寶祐六年(1258)十一月，新筑黃平城賜名鎮(zhèn)遠州，鎮(zhèn)遠之名始于此。
德祐元年(1275)置鎮(zhèn)遠沿邊溪洞招討使司。
元至元二十年(1283)改招討使司為鎮(zhèn)遠軍民總管府，治中河山(今㵲陽鎮(zhèn)東隅)，屬思州宣撫司，又置鎮(zhèn)安縣附廊。
旋改鎮(zhèn)安縣為安夷縣。
至正二年(1342)廢安夷縣置鎮(zhèn)遠金蓉金達蠻夷長官司。
明洪武四年(1371)降鎮(zhèn)遠總管府為州，隸思南宣慰司。
二十二年在州治所增設(shè)鎮(zhèn)遠衛(wèi)，二十三年于今青溪鎮(zhèn)設(shè)青浪衛(wèi)，隸湖廣都司。
永樂十一年(1413)置鎮(zhèn)遠府，府、州、衛(wèi)同城，隸貴州布政司。
正統(tǒng)三年(1438)省鎮(zhèn)遠州，存府、衛(wèi)。
弘治十一年(1498)廢鎮(zhèn)遠金蓉金達長官司置鎮(zhèn)遠縣。
清康熙二十二年(1683)裁鎮(zhèn)遠衛(wèi)。
雍正五年(1727)裁青浪衛(wèi)改置清溪縣，屬思州府。
宣統(tǒng)元年(1909)省鎮(zhèn)遠縣存鎮(zhèn)遠府。
1913年廢府復(fù)置鎮(zhèn)遠縣，隸黔東道。
1935年屬第八行政督察區(qū)。
1937年屬第一行政督察區(qū)，為專員公署駐地。
1941年撤銷清溪縣。
1949年屬鎮(zhèn)遠專區(qū)，為專署駐地。
1956年屬黔東南苗族侗族自治州。
1958年岑鞏、三穗2縣并入鎮(zhèn)遠縣。
1962年析出2縣。