解放后隸屬于第三區(qū)崇實(shí)鄉(xiāng)。
1953年，行政區(qū)劃由第三區(qū)崇實(shí)鄉(xiāng)改為第三區(qū)高棉鄉(xiāng)，1956年，行政區(qū)劃由第三區(qū)高棉鄉(xiāng)改為興中區(qū)高棉鄉(xiāng)。
1959年，實(shí)行人民公社化，棉花村改稱興中公社高棉管理區(qū)棉花大隊(duì)。
1962年，撤銷大公社，復(fù)置4個(gè)行政區(qū)，棉花村改稱興中區(qū)高棉公社棉花大隊(duì)。
1984年機(jī)構(gòu)改革時(shí)，改稱棉花村。
1986年12月，棉花村隸屬于興中區(qū)高棉鄉(xiāng)。
1992年1月，棉花村的行政區(qū)劃由興中區(qū)高棉鄉(xiāng)改為高棉鄉(xiāng)。