今黔東南苗族侗族自治州轄地，秦代分屬黔中郡和象郡。
西漢時期，今施秉至凱里、雷山、榕江一線以東屬武陵郡，以西屬牂牁郡。
沿至南朝調(diào)整區(qū)劃，今施秉至雷山以西屬南牂牁郡，以東屬東牂牁。
隋代，屬牂牁郡、沅陵郡和始安郡。
唐代，屬黔中道，置有應(yīng)州、亮州、福祿州等羈縻州和獎州等經(jīng)制州。
宋代，今天柱至黎平一線以西屬夔州路，置有邛水縣、安夷縣和思州、亮州、古州等羈縻州；天柱至黎平一線以東屬荊湖北路之靖州；黎平至榕江一線以南屬廣南路之融州。
元代分屬四川行省播州宣慰司，湖廣行省思州宣慰司和新添葛蠻安撫司。
明洪武七年(1374年)置黃平安撫司，隸播州宣慰司。
永樂十一年(1413年)廢思州、思南2宣慰司，于今州境置思州、黎平、新化、鎮(zhèn)遠(yuǎn)4府，隸貴州等處承宣布政使司。
二十一年設(shè)新鎮(zhèn)道，黎平、新化、鎮(zhèn)遠(yuǎn)3府屬轄。
思州府隸思仁道。
宣德九年(1434)廢新化府入黎平府。
成化十三年(1477)于西境置安寧宣撫司(今凱里)，隸播州宣慰司。
弘治七年(1494年)置麻哈州及清平縣，隸都勻府。
嘉靖元年(1522)改安寧宣撫司地為凱里宣撫司，隸清平衛(wèi)。
萬歷二十九年(1601)以黃平安撫司地置黃平州，隸平越府。
1913年廢府、州、廳置縣，1914年州境各縣分別隸屬黔東道和黔中道。
1917年黔東道署遷鎮(zhèn)遠(yuǎn)，改名鎮(zhèn)遠(yuǎn)道，1923年廢。
1935年于鎮(zhèn)遠(yuǎn)設(shè)第八行政督察區(qū)，黎平設(shè)第十行政督察區(qū)。
1936年撤銷第十行政督察區(qū)，改第八行政督察區(qū)為第七行政督察區(qū)。
1937年改第七行政督察區(qū)為第一行政督察區(qū)。
1949年屬鎮(zhèn)遠(yuǎn)專區(qū)，轄12縣，黎平、麻江、丹寨、榕江、從江隸都勻(獨山)專區(qū)。
1956年撤銷鎮(zhèn)遠(yuǎn)專區(qū)，設(shè)黔東南苗族侗族自治州，州人民政府暫駐鎮(zhèn)遠(yuǎn)，1958年12月遷駐凱里。