清以前屬福建詔安縣云澳區(qū)，稱荖園鄉(xiāng)。
1914年歸屬廣東省南澳縣第三區(qū)，稱荖園鄉(xiāng)。
1952年稱第二區(qū)青澳鄉(xiāng)荖園村。
合作化稱荖園生產(chǎn)大隊(duì)，1969年稱荖園村革命委員會(huì)，1980年恢復(fù)生產(chǎn)大隊(duì)。
1986年屬云澳鎮(zhèn)，稱荖園村委員會(huì)。
1989年屬云澳鎮(zhèn)，稱荖園管理區(qū)，1998年屬云澳鎮(zhèn)稱荖園村村委會(huì)，2004年調(diào)整村委規(guī)模與東澳村合并為東園村委員會(huì)，撤銷荖園村委會(huì)。
2017年撤銷東園村民委員會(huì)，荖園村與東澳兩村再次分設(shè)，成立荖園村村民委員會(huì)，并沿用至今。