深澳鎮(zhèn)有古城之稱,因自明萬歷四年(1576年)詔設(shè)協(xié)守漳、潮等處專駐南澳副總兵。
明清二朝歷任正副總兵172任。
直至民國二十二年(1933年),深澳鎮(zhèn)是南澳縣城所在地。
1950年3月,成立深澳鄉(xiāng)農(nóng)會。
同年11月設(shè)深澳鄉(xiāng)行政委員會。
1952年,成立深澳鄉(xiāng)人民政府。
1958年9月,成立南澳縣公社,深澳設(shè)管理區(qū)。
1961年,建立深澳公社。
1968年,并入云澳公社,改稱深澳大隊(duì)革命委員會。
1980年6月,拆出,改為深澳公社。
1983年,稱深澳區(qū)。
1986年,置深澳鎮(zhèn)。