約400年前，村中邱氏祖先由河南搬遷至此。
解放初期坪山改區(qū)，成立金龜鄉(xiāng)，1954年成立互助組，1958年成立金龜人民公社，1986年成立金龜村民委員會(huì)，1991年，因地處赤坳水庫(kù)上游，被市列為重點(diǎn)水源保護(hù)區(qū)；同年至今有10多組核電高壓線跨過(guò)，又被列入高壓走廊區(qū)；1998年被省定為重點(diǎn)生態(tài)林保護(hù)區(qū)；2004年全社區(qū)被市列為重點(diǎn)生態(tài)線控制范圍；2005年，5條高壓燃?xì)夂统善酚凸艿揽鐓^(qū)而過(guò)，又被定為重點(diǎn)高壓燃?xì)夤艿绤^(qū)。
2005年3月根據(jù)（深龍國(guó)貿(mào)復(fù)[2004]27號(hào)文），由原來(lái)的金龜經(jīng)濟(jì)發(fā)展有限公司，改制為金龜股份合作公司。
成立金龜社區(qū)，2010年設(shè)立金龜社區(qū)居委會(huì)，名稱沿用至今。