建于明嘉靖二十年（1541）前后，由陳氏荷坳一世祖陳康適之十世子孫陳士鎮(zhèn)所建，至今已經(jīng)有460多年的歷史。
而在新中國成立后至1958年期間，一直劃在惠州惠陽專區(qū)龍崗區(qū)龍崗鎮(zhèn)管轄，但從1958年開始，劃分到深圳的前身寶安縣橫崗鎮(zhèn)管轄，當(dāng)時(shí)荷坳和黃閣坑并鄉(xiāng)統(tǒng)稱為荷坑鄉(xiāng)，在1964年時(shí)荷坑鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)立隊(duì)，荷坑鄉(xiāng)分為荷坳大隊(duì)和黃閣坑大隊(duì)。
1980深圳特區(qū)成立，黃閣坑又劃分到寶安縣橫崗鎮(zhèn)范圍，至到1993年撤縣設(shè)區(qū)時(shí)，黃閣坑歸龍崗區(qū)橫崗鎮(zhèn)，到了2005年，黃閣坑才被劃到了現(xiàn)在的龍城街道。
人口也從80年代中后期的七百多人發(fā)展到現(xiàn)在的1290人左右。
2004年9月設(shè)黃閣坑社區(qū)居民委員會，原屬橫崗鎮(zhèn)，2005年起屬龍城街道。