該村由沙港大鄉(xiāng)分居此地，取名吉嶼村。
1950年屬六區(qū)沙港鄉(xiāng)。
1952年以長隴、吉嶼、圍內、下埔四個村設置長吉鄉(xiāng)，屬六區(qū)。
1953年屬赤坑區(qū)。
1956年并入沙港大鄉(xiāng)。
1958年撤區(qū)建人民公社時期，屬赤坑公社長吉大隊。
1984年政社分設時期，屬赤坑區(qū)長吉鄉(xiāng)。
1987年撤區(qū)建鄉(xiāng)鎮(zhèn)時改為赤坑鎮(zhèn)長吉村委會。
1989年改為長吉管理區(qū)辦事處。
1995年設置吉嶼管理區(qū)辦事處。
1998年改設為吉嶼村委會，一直沿用至今。