始建于秦始皇三十三年（前214），為南海郡郡治所在地。
原縣境廣闊，從漢代至清朝，先后直接或間接劃出今珠江三角洲主要縣市和香港、澳門地區(qū)。
清代至民國(guó)前期，番禺和南海分東西兩半管治廣州城。
清代，廣州城區(qū)東部為番禺縣捕屬（意為“典史管屬”）。
民國(guó)初期沿襲清末舊制。
1921年2月，廣州市政廳成立。
1933年，番禺縣署從廣州城內(nèi)遷至禺南新造，1945年又遷至市橋。
1958年1月，禺東、禺北17鄉(xiāng)及江高鎮(zhèn)劃入廣州市郊區(qū)。
1958年9月，全縣改稱“番禺人民公社”。
1958年12月，番禺、順德合并為番順縣。
1959年6月，番禺、順德分別復(fù)縣，同年7月，中山縣的大崗鎮(zhèn)公社和大崗公社、萬(wàn)頃沙公社及珠江華僑農(nóng)場(chǎng)劃歸番禺。
1983年12月，番禺人民公社改為番禺區(qū)（番禺區(qū)名稱首次出現(xiàn)）。
1992年5月撤縣改市（縣級(jí)）。
2000年5月撤市設(shè)區(qū)。
2005年4月，從番禺區(qū)析出南沙街道、萬(wàn)頃沙鎮(zhèn)、橫瀝鎮(zhèn)、黃閣鎮(zhèn)以及靈山鎮(zhèn)的廟南村、七一村和廟青村、東涌鎮(zhèn)慶盛村、沙公堡村、石排村，設(shè)立南沙區(qū)。
2012年9月，番禺區(qū)東涌、大崗、欖核3個(gè)鎮(zhèn)劃歸南沙區(qū)。