相傳明朝初年福建莆田西石庵人遷此建村。
原屬海陽縣。
明嘉靖四十二年（1563）屬澄�？h中外莆都。
1921年廢都設(shè)區(qū)，屬上外區(qū)。
1946年稱斗門，屬上中鄉(xiāng)。
1949年屬上華區(qū)。
1953年島門、山邊、云橋合稱島門鄉(xiāng)。
1956年島門鄉(xiāng)、沙壩鄉(xiāng)、隴尾鄉(xiāng)合稱沙壩鄉(xiāng)，屬第一區(qū)。
1958年9月成立澄海縣人民公社，屬第三支隊306團。
1959年設(shè)島門生產(chǎn)大隊，屬上華人民公社。
1984年1月設(shè)區(qū)建鄉(xiāng)，云喬、山邊、島門三村合設(shè)島門鄉(xiāng)，屬上華區(qū)。
1986年11月撤區(qū)置鎮(zhèn)，設(shè)島門村，屬上華鎮(zhèn)。
1990年9月設(shè)島門管理區(qū)。
1998年9月設(shè)島門村，沿用至今。