明朝屬石佛里，清朝屬廣積里，1846年改里設(shè)馬渠塬鎮(zhèn)，1935年撤里設(shè)區(qū)鎮(zhèn)，馬渠屬第四區(qū)，仍設(shè)馬渠鎮(zhèn)。
1940年3月陜甘寧邊區(qū)鎮(zhèn)原縣抗日民主政府在馬渠鎮(zhèn)成立，政府駐地油坊溝，下轄6個區(qū)，馬渠為第四區(qū)。
解放后改為馬渠區(qū)，1951年3月并入三岔區(qū)，1953年1月恢復馬渠區(qū)，駐路家坬村，1956年4月改為基點鄉(xiāng)，1958年9月屬開邊人民公社，1958年10月成立馬渠人民公社，1983年12月改名為馬渠鄉(xiāng)，2019年8月撤鄉(xiāng)改鎮(zhèn)。