1949年10月，設(shè)立白馬鄉(xiāng)三里店村。
1958年9月，高樓、白馬兩鄉(xiāng)合建為赤城公社，三里店村改稱三里店大隊(duì)，歸赤城公社管轄。
1962年2月，從赤城公社析出白馬公社稱白馬鋪公社，三里店大隊(duì)歸其管轄。
1965年2月，三里店大隊(duì)隨白馬鋪公社復(fù)并入赤城公社。
1983年12月，改稱赤城鄉(xiāng)三里店村民委員會(huì)。
1989年9月，三里店村民委員會(huì)隨白馬鋪鄉(xiāng)與赤城鄉(xiāng)分設(shè)，稱白馬鋪鄉(xiāng)三里店村民委員會(huì)。
2015年12月，白馬鋪鄉(xiāng)改鎮(zhèn)后，稱白馬鋪鎮(zhèn)三里店村民委員會(huì)。