兩漢時期，雙茨科鎮(zhèn)境域?qū)傥渫h。
西晉、北朝北魏、西魏時，屬宣威縣。
北朝北周至隋時，屬姑臧縣。
唐時，屬明威府。
元時，屬永昌路。
明時，屬鎮(zhèn)番衛(wèi)。
清時，屬鎮(zhèn)番縣。
民國二十五年（1936年），屬第六區(qū)雙茨科聯(lián)保。
民國三十六年（1947年），分屬東壩、泉山2鄉(xiāng)。
1949年10月，設(shè)紅柳墩鄉(xiāng)（屬東壩區(qū)）和雙茨科鄉(xiāng)（屬泉山區(qū)）。
1953年12月，屬泉山區(qū)。
1956年1月，設(shè)雙茨科、紅柳墩2鄉(xiāng)。
1958年10月，雙茨科、紅柳墩、大灘合并為雙茨科公社。
1961年12月，分為雙茨科、紅柳墩、大灘3公社。
1965年1月，紅柳墩公社并入雙茨科公社。
1983年4月，改為雙茨科鄉(xiāng)。
2015年，撤鄉(xiāng)，設(shè)雙茨科鎮(zhèn)。