肅州廟村前身為肅州廟村和肅州堡村。
肅州廟村土改時屬四區(qū)二鄉(xiāng)二行政。
1955年成立星光和潘家橋兩個初級社。
1956年并為星光高級社。
1958年為敦煌人民公社河西大隊二中隊。
1961年為潘家橋、肅州廟兩個大隊。
1966年并為東風(fēng)大隊。
1969年更名為肅州廟大隊。
1983年3月改置村。
肅州堡村在清雍正年間，從肅州（即現(xiàn)在酒泉市）遷入移民。
因該村建有一堡子，肅州堡由此得名，后村以堡名。
土改時屬四區(qū)二鄉(xiāng)三行政。
1955年成立肅州堡初級社。
1956年擴建為肅州堡高級社。
1958年為敦煌人民公社河西大隊二中隊。
1961年為肅州堡大隊。
1966年更名為東方紅大隊。
1969年恢復(fù)原名。
1983年3月改置村。
2007年1月省入肅州廟村。