清流，古屬黃連峒。
周、春秋末為閩越地。
秦屬閩中郡。
漢屬閩越。
東漢屬會稽南郡。
三國屬建安郡。
晉為新羅縣，地屬晉安郡。
隋開皇（581-600）并入邵武縣。
唐開元二十六年（738），改屬汀州府龍巖縣。
后唐為長汀、寧化兩縣地，屬汀州府。
五代初屬閩王，后屬南唐。
后晉屬寧化麻倉里，設(shè)清流驛。
宋元符元年（1098），劃寧化六團(tuán)里、長汀二團(tuán)里置清流縣，屬汀州府。
縣治設(shè)坊郭里，后稱城關(guān)。
紹定元年（1228），撤銷縣建置。
元至元八年（1271），恢復(fù)清流縣建置，屬汀州路。
明洪武元年（1368），汀州路改為汀州府，清流屬汀州府。
清代屬福建汀州府。
1912年屬福建省西路道。
1914年，屬汀樟道。
1931年屬中央蘇區(qū)。
1933年11月至1934年2月，十九路軍將領(lǐng)蔡廷鍇發(fā)動“福建事變”，成立中華共和國人民革命政府，及福建人民政府，將福建劃為4個省，清流屬龍漳省。
1934年3月后，屬福建省第八行政督察專員公署。
1935年10月，屬福建省第七行政督察區(qū)。
1946年屬福建省第九行政督察區(qū)。
1947年7月，屬福建省第六行政督察區(qū)。
1950年2月，屬福建省人民政府永安專員公署。
全縣設(shè)3區(qū)，轄42個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
1956年5月，并入龍巖專員公署。
1958年5月，撤區(qū)并鄉(xiāng)，全縣并為1鎮(zhèn)15鄉(xiāng)。
同年10月，各鄉(xiāng)鎮(zhèn)改稱人民公社。
1959年2月，清流、寧化合并，稱清寧縣。
原清流縣轄區(qū)設(shè)6個公社、8個管理區(qū)。
1961年6月，恢復(fù)清流縣建置，屬龍巖專員公署，設(shè)14個公社。
1963年5月，屬三明專員公署。
1968年，屬三明地區(qū)革命委員會。
1968年11月，成立清流縣革命委員會，屬三明地區(qū)管轄，設(shè)14個公社革命委員會。
1980年10月，清流縣革命委員會改稱清流縣人民政府，屬三明專員公署。
1982年3月，全縣設(shè)14個公社鎮(zhèn)管理委員會1個鎮(zhèn)人民政府。
1983年4月至今，屬三明市。