馬尾區(qū)位于東經(jīng)119°37′，北緯25°29′。地處福州市東南部，閩江下游北岸，距閩江口17海里。東瀕閩江，西與晉安區(qū)接壤，南與倉(cāng)山區(qū)、長(zhǎng)樂(lè)區(qū)隔江相望，東北毗鄰連江縣，地勢(shì)西北高東南低。土地面積26435.48公頃，海域面積約44平方千米。
【土地資源】2021年，馬尾區(qū)面積26435.48公頃。其中濕地為2061.9公頃，耕地939.5公頃，種植園用地806.3公頃，林地14771.73公頃，草地221.62公頃，城鎮(zhèn)村及工礦用地3654.76公頃，交通運(yùn)輸用地1011.59公頃，水域及水利設(shè)施用地2547.58公頃，其他土地420.5公頃。
【礦產(chǎn)資源】2021年，馬尾區(qū)發(fā)現(xiàn)礦產(chǎn)資源8種。金屬礦有釷礦、釷鈮礦、鈮釷礦、鐵錳礦4種4處，為礦化點(diǎn)，遠(yuǎn)景差。非金屬礦有高嶺土礦、河砂礦、礦泉水、花崗巖石材礦4種10處。其中河砂礦位于海砂開(kāi)采區(qū)域的禁采線范圍內(nèi)，屬禁止開(kāi)采礦種；高嶺土礦點(diǎn)規(guī)模小，工作程度低，不具遠(yuǎn)景；唯一可使用的建筑用石料，資源豐富，受“三區(qū)兩線”限制影響，工作程度不高，資源儲(chǔ)量不明確。年內(nèi)，全區(qū)沒(méi)有批準(zhǔn)開(kāi)采的礦山。
【森林資源】2021年，馬尾區(qū)林業(yè)用地面積14953.17公頃，按保護(hù)等級(jí)分為生態(tài)公益林面積11705.48公頃（其中國(guó)家級(jí)公益林9349.81公頃，省級(jí)公益林2355.67公頃）、商品林面積3247.69公頃。天然林4609.01公頃，其中天然商品林774.51公頃。按地類(lèi)分：有林地面積13299.24公頃，疏林地面積331.17公頃，灌木林地面積865.41公頃，未成林地面積86.42公頃。森林蓄積量84.44萬(wàn)立方米，森林覆蓋率47.18%。植被屬南亞熱帶雨林小區(qū)，經(jīng)鑒定的有126科304屬430種，其中蕨類(lèi)16科21屬26種，裸子植物6科11屬19種，被子植物104科272屬385種；按生活型分，喬木154種，灌木106種，草本148種，藤本22種；屬?lài)?guó)家二級(jí)保護(hù)的樹(shù)種有香樟、建柏、金毛狗等，零星分布于區(qū)內(nèi)。
【濕地資源】2021年，福建馬尾閩江河口濕地省級(jí)自然保護(hù)區(qū)總面積869公頃，其中緩沖區(qū)面積447公頃，占保護(hù)區(qū)總面積的51.44%；實(shí)驗(yàn)區(qū)面積422公頃，占保護(hù)區(qū)總面積的48.56%。濕地各類(lèi)型面積：河口水域400.6公頃，潮間帶泥灘467公頃，島嶼（1個(gè)）1.4公頃。主要保護(hù)對(duì)象為重點(diǎn)濱海濕地生態(tài)系統(tǒng)和水鳥(niǎo)資源，植物資源主要分布在白猴嶼島上。
【海洋資源】2021年，馬尾區(qū)海域面積約44平方千米，海岸線58千米；海島8個(gè)，其中居民海島1個(gè)。海域底棲生物近170種，其中軟體類(lèi)近80種，甲殼類(lèi)近50種。區(qū)內(nèi)浮游植物主要有藍(lán)藻門(mén)、綠藻門(mén)、裸藻門(mén)、金藻門(mén)、硅藻門(mén)、甲藻門(mén)六大類(lèi)65種，其中硅藻門(mén)浮游植物居多。浮游動(dòng)物主要有腔腸動(dòng)物門(mén)、環(huán)節(jié)動(dòng)物門(mén)、毛顎動(dòng)物門(mén)、節(jié)肢動(dòng)物門(mén)、脊索動(dòng)物門(mén)五大門(mén)類(lèi)，其中橈足類(lèi)最多，有20多種；其次為水母，有10多種；枝角類(lèi)主要有小擬哲水蚤、四刺窄腹水蚤、蔓足類(lèi)幼體、捷氏歪水蚤、火腿許水蚤等。海產(chǎn)魚(yú)類(lèi)及其他海生動(dòng)物多產(chǎn)于瑯岐東南部閩江口，海水養(yǎng)殖主要品種有鱸魚(yú)、南美白對(duì)蝦、鋸緣青蟹、文蛤、縊蟶等。淡水養(yǎng)殖主要品種有草魚(yú)、青魚(yú)、鰱魚(yú)、鳙魚(yú)、鯉魚(yú)、鯽魚(yú)、鳊魴、羅非魚(yú)、鰻鱺等，其中草魚(yú)、鰱、鳙為當(dāng)?shù)厝斯ゐB(yǎng)殖的傳統(tǒng)品種，南美白對(duì)蝦為區(qū)重要養(yǎng)殖品種。
【水資源】2021年，馬尾區(qū)內(nèi)閩江過(guò)境長(zhǎng)度37千米，支流有磨溪、馬鞍溪、水塘溪、雙頭溪、三合溪、上溪、水帶溪等14條溪流，河汊縱橫，形成網(wǎng)狀水系，溪流總平均逕流量1.95億立方米。地下水資源較貧乏，主要有松散堆積層孔隙水、風(fēng)化層孔隙裂隙水、基巖裂隙水3種類(lèi)型，除瑯岐島個(gè)別地區(qū)水質(zhì)屬咸水、半咸水與山區(qū)地帶水質(zhì)含氟鐵外，其余水質(zhì)均良好。