桂山村的建制變革隨著新店鎮(zhèn)歷史的變遷，唐時(shí)隸屬閩縣寧基里，宋、元至明代中葉屬懷安縣；明中葉以下和清代歸屬候官縣；清末，屬候官縣富村區(qū)；民國(guó)時(shí)期，屬閩侯（林森）縣五區(qū)之一的新店區(qū)。
上世紀(jì)50年代初，桂山村成立8個(gè)農(nóng)業(yè)合作社互助組，1958年人民公社化時(shí)成立新店公社桂山大隊(duì)，后又隸屬福州郊區(qū)、鼓樓區(qū)（紅衛(wèi)區(qū)）、環(huán)城區(qū)管轄，1983年又回歸福州郊區(qū)新店鄉(xiāng)，成立福州郊區(qū)新店鄉(xiāng)桂山村委會(huì)。
1996年福州市成立晉安區(qū)后隸屬晉安區(qū)新店鎮(zhèn)。