明清兩代溪源都屬均亭里（駐地回瑤）。
民國十六年（1927）之前政區(qū)未變更，民國十七年（1928）改區(qū)鄉(xiāng)制，溪源屬一區(qū)（童游）回瑤鄉(xiāng)。
民國二十一年（1932）成立溪源保，屬回瑤聯(lián)保。
民國二十九年（1940）屬一區(qū)（城坊）回瑤鄉(xiāng)管轄。
民國三十四年（1945）1月，合并鄉(xiāng)鎮(zhèn)，溪源保歸徐市鎮(zhèn)管轄，直到民國三十八（1949）年5月前，中華人民共和國成立后，經(jīng)過土地改革成立洪（尾）溪（源）鄉(xiāng)，屬三區(qū)（徐市）。
1952年溪源鄉(xiāng)、回瑤鄉(xiāng)等三鄉(xiāng)合并稱東南鄉(xiāng)，隸屬（城關(guān)）。
1958年10月，人民公社建立后，溪源屬回瑤大隊。
1961年成立溪源大隊，1984年溪源大隊改為溪源村村民委員會，屬童游鄉(xiāng)管轄。
2002年12月后，歸潭城街道管轄，2014年，溪源村被南平市評定為“五星級美麗鄉(xiāng)村”。
2022年2月23日后，歸寶山街道管轄。