舊稱“百崎鋪”，宋時(shí)屬崇武鄉(xiāng)太康里（22都）；元明時(shí)期屬全縣四鄉(xiāng)之一的行滿鄉(xiāng)轄下的太康里23都，一直沿用。
1928隸屬全縣12個(gè)區(qū)之一的后港區(qū)；1934年全縣改編為10個(gè)區(qū)，即歸屬于東園區(qū)；1935年8月全縣劃為8個(gè)自治區(qū)，即隸屬于第三自治區(qū)（東園后港合并）；1936年5月全縣成立4個(gè)區(qū)屬，及隸屬于涂寨；1937年4個(gè)區(qū)屬調(diào)整。
即隸屬于東園；1941年全縣分為3個(gè)鄉(xiāng)公所，即隸屬于第二區(qū)公所（涂寨），是全縣30個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)之一的白崎鄉(xiāng)；1943年裁撤區(qū)公所，全縣編為16個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)，即隸屬于東園（先稱鄉(xiāng)后改鎮(zhèn)）；1947年全縣重新整編，及隸屬于后港鄉(xiāng)；1949年9月隸屬第五區(qū)；1955年5月屬東園區(qū)，1958年10月隸屬上游人民公社東園管理區(qū)；1961年9月屬東園人民公社；1984年10月屬東園鄉(xiāng)人民政府；1989年10月13日省府批文從東園分割出來組建百崎回族鄉(xiāng)，1990年8月百崎回族鄉(xiāng)人民政府掛牌成立。