倉山區(qū)地處福州城區(qū)南部，轄整個(gè)南臺島，東西長27.3千米，南北寬10.3千米，區(qū)域面積146.24平方千米，加上洲地面積逾150平方千米。倉山區(qū)四面臨江，北隔閩江分別與鼓樓、臺江、晉安、馬尾、隔江相望東面與馬尾港隔海相距7.61海里，南臨烏龍江與閩侯長樂相連。
境內(nèi)閩江環(huán)繞，形成南臺島。閩江在南臺島首尾分而又合，斜貫中部。地貌由平原、丘陵和灘地組成，并以丘陵，平原為主，屬丘陵性平原。山丘坡地占全島面積的1/5。地勢北陡，中高、南緩。地表起伏大，丘陵分布在中、西北、東南部，丘陵自北向南依次有翁主山、鬼洞山、妙峰山、高蓋山、城門山、清涼山。境內(nèi)制高點(diǎn)高蓋山（海拔202米）位于南臺島中部。由于閩江流速、流向的改變，導(dǎo)致泥沙落淤、堆積，沿江地帶沙洲發(fā)育，河灘廣闊，形成形狀各異、面積大小不等的沙洲灘地。
境內(nèi)地質(zhì)主要由中生代熔巖，燕山期入侵巖及第四紀(jì)沉積物構(gòu)成，受到以斷裂為主，褶皺為次的構(gòu)造變動(dòng)影響，表現(xiàn)在構(gòu)造特征上巖層成寬緩的隆起和坳陷，褶皺構(gòu)造由于受以后的巖漿侵入和噴發(fā)作用所破壞，表現(xiàn)不明顯。而斷裂構(gòu)造極為發(fā)育，主要是由于位于福州山字型構(gòu)造的前弧和北北西向張扭性斷裂、北東東向壓扭性斷裂的交匯處，受上述斷裂構(gòu)造的控制，斷裂發(fā)育、動(dòng)力變質(zhì)作用強(qiáng)烈。福州山字型構(gòu)造在境內(nèi)南部通過，沿烏龍江作弧形分布，控制閩江南港河流形態(tài)，并在境內(nèi)南部造成巖層動(dòng)力變質(zhì)帶。
境內(nèi)歷史上為福州對外交通口岸，轄內(nèi)閩江自西向東流經(jīng)馬尾入海。境內(nèi)屬南亞熱帶季風(fēng)氣候的北緣，夏長冬短，暖熱濕潤，降水豐沛，且有一定的干濕季，土壤母質(zhì)的風(fēng)化作用強(qiáng)烈，土壤的富鉛化過程比較徹底。地帶性土壤主要為紅壤，南、北港的灘地、洲地發(fā)育的主要是潮土。平原地帶因長期經(jīng)人類開發(fā)和耕作，發(fā)育的主要為水稻土和沙土。
境內(nèi)閩江河段受潮水頂托，坡降平緩，屬感潮河段。流域內(nèi)降水在年內(nèi)分配不均勻，年際間變化也很大。流域年平均徑流深957毫米，年均徑流量584億立方米，枯水和豐水年份徑流量變幅290～910億立方米。下游輸沙量有增加趨勢，洪水期輸沙量所占比重相當(dāng)大。境內(nèi)河流具有雙向流動(dòng)特征。在漲潮時(shí)，閩江徑流受潮水頂托，可上溯到河浦、港汊及大小河渠；落潮時(shí)，河浦、港汊及河渠的水流又可下泄注入閩江的南、北港。區(qū)內(nèi)主要河道有螺洲河、白湖亭河、義序河。螺洲河由閩江南港的螺洲入口向東流經(jīng)浦口乾元、葫蘆陣與濂浦河相通，全長7千米，自古就有葫蘆陣兩頭潮之說。