唐代，倉(cāng)山地區(qū)隸屬于閩縣及侯官縣，宋代到明代中期分屬于閩縣和懷安縣。
明萬(wàn)歷八年（1580年）懷安縣并入侯官縣，倉(cāng)山地區(qū)分屬閩縣和侯官縣。
境內(nèi)以龍峰山和望北臺(tái)為界，以東屬閩縣，以西屬侯官縣。
1913年閩縣與侯官縣合并成立閩候縣，倉(cāng)山地區(qū)屬閩候縣。
1917年福州省會(huì)警察廳成立，倉(cāng)山地區(qū)行政上屬閩候縣和省會(huì)警察廳第五署雙重管轄。
1945年10月福州市國(guó)民政府成立，同時(shí)成立倉(cāng)山區(qū)公所。
1950年1月，林森縣（閩侯縣）一區(qū)的白湖、雙湖2個(gè)鄉(xiāng)劃入倉(cāng)山區(qū)，劃入面積10多平方千米（同年9月又劃出）。
5月設(shè)水上區(qū)，轄閩江洪山橋到魁岐水域，面積7平方千米。
1955年3月，市郊蓋山的美墩、中墩、程厝邊、長(zhǎng)安、塔仔里、洋洽、新成里、白鷺嶺劃入倉(cāng)山區(qū)，面積3平方千米。
同年5月，水上區(qū)與倉(cāng)山區(qū)合并。
1960年3月，市郊蓋山公社劃入倉(cāng)山區(qū)，面積30多平方千米，次年6月又劃出倉(cāng)山區(qū)。
1968年9月，倉(cāng)山區(qū)因“文化大革命”更名為朝陽(yáng)區(qū)，同時(shí)成立革命委員會(huì)。
1970年2月郊區(qū)朝陽(yáng)（蓋山）公社、建新公社、市紅星農(nóng)場(chǎng)、閩候縣城門(mén)公社劃入朝陽(yáng)區(qū)（倉(cāng)山區(qū)），總面積增至112平方千米，包括整個(gè)南臺(tái)島，1975年5月又劃出朝陽(yáng)區(qū)（倉(cāng)山區(qū)）。
1978年4月，朝陽(yáng)區(qū)復(fù)名倉(cāng)山區(qū)。
全區(qū)有4個(gè)街道辦事外及水上工作辦事處，下轄40個(gè)居委會(huì)。
1986年11月成立三叉街街道，1988年5月撤水上工作辦事處，成立對(duì)湖街道，1996年1月，晉安區(qū)的倉(cāng)山、蓋山、城門(mén)、建新、螺洲5個(gè)鎮(zhèn)劃歸倉(cāng)山區(qū)，轄地?cái)U(kuò)至整個(gè)南臺(tái)島，面積擴(kuò)至142平方千米。
2002年6月成立東升街道，2002年7月從建新鎮(zhèn)劃出盧濱、后曹、潘邊、石邊、新頤、上雁、葛嶼、閩江、劉宅9個(gè)村，從倉(cāng)山鎮(zhèn)劃出燎原村，從上渡街道劃出橫江居委會(huì)成立金山街道。
2014年，倉(cāng)山區(qū)轄對(duì)湖、上渡、倉(cāng)前、三叉街、下渡、臨江、東升、金山共8個(gè)街道，建新、蓋山、螺洲、城門(mén)、倉(cāng)山共5個(gè)鎮(zhèn)。