原名樹德鄉(xiāng)，1930年改名為巷口鎮(zhèn)。
1942年為武隆設(shè)治局駐地，當(dāng)時轄19個保。
1951年一至七及十三保續(xù)置巷口鎮(zhèn)，八至十二保建廣楊鄉(xiāng)，十四至十九保置青杠鄉(xiāng)。
1953年8月擴巷口鎮(zhèn)的鳳山、水井、芋荷、梓潼等8村建芋荷鄉(xiāng)。
擴黃渡、茅坪村與黃鶯鄉(xiāng)的部分村建黃渡鄉(xiāng)。
1955年10月芋荷鄉(xiāng)、黃渡鄉(xiāng)撤后黃渡、茅坪村劃回巷口鎮(zhèn)。
1958年5月再擴鳳山、青春、梓潼、高橋、四合等十一個村及土坎鄉(xiāng)的銀山、中贏村復(fù)置芋荷鄉(xiāng)。
1985年6月巷口鎮(zhèn)轄復(fù)興街、建設(shè)街、后街、馮家坡4個居民委員會及中堆村，26個居民小組。
1992年，青杠鄉(xiāng)、芋荷鄉(xiāng)、廣楊鄉(xiāng)并入，轄復(fù)興街、建設(shè)街等7個居民委員會33個居民小組，29個村134個村民小組。
1998年廣揚鄉(xiāng)劃出。
2002年5月荊竹、楊柳、茶坪劃入仙女山鎮(zhèn)，巷口鎮(zhèn)轄7個居委、18個村。
2003年12月，中嘴鄉(xiāng)（除柏香村夾二巖村民小組外），青吉鄉(xiāng)、廣揚鄉(xiāng)、蒲板鄉(xiāng)和仙女山鎮(zhèn)茶坪村一組劃入巷口鎮(zhèn)，全鎮(zhèn)轄49個行政村310個村民小組，8個居委35個居民小組。
2004年5月村（居）委規(guī)模調(diào)整，49個村合并為21個村。
2017年12月由于區(qū)劃調(diào)整巷口鎮(zhèn)分為芙蓉街道和鳳山街道。