新石器時代就有先民在境內活動。
夏商屬梁州地，周屬巴子國，秦、西漢屬巴郡朐忍縣。
東漢建安二十一年（216年），劉備分朐忍縣地置羊渠縣，治城在今萬州區(qū)長灘井，為萬州建縣之始。
西晉初省羊渠縣，改置南浦縣，治城在今利川市南坪鎮(zhèn)。
東晉永嘉后南浦縣“地沒蠻夷”，于今萬州區(qū)長灘井置南浦僑縣。
西魏廢帝二年（553年），省南浦僑縣，析朐忍縣地置魚泉縣，徙治江北（今萬州區(qū)環(huán)城路），并于魚泉縣置安鄉(xiāng)郡，管轄魚泉縣、梁山縣（治今梁平縣聚奎鎮(zhèn)黃土坎）。
北周設南州，管轄萬川郡和懷德郡，改安鄉(xiāng)郡為萬川郡，改魚泉縣為安鄉(xiāng)縣，后又改萬川縣。
分臨江郡置南都郡，后改名懷德郡，管轄武寧縣。
分臨江縣新置源陽縣，建德四年（575年）改名武寧縣。
隋開皇三年（583年），廢萬川郡、懷德郡，以州統(tǒng)縣。
開皇十八年（598年），改萬川縣為南浦縣。
南州管轄南浦縣、武寧縣、梁山縣。
大業(yè)三年（607年），省南州，南浦縣、武寧縣、梁山縣歸屬巴東郡。
唐置萬州，管轄南浦縣、武寧縣、梁山縣。
宋仍置萬州，管轄南浦縣、武寧縣，以梁山縣設梁山軍。
新設龍渠縣，隸屬忠州，治今龍駒鎮(zhèn)。
元省南浦縣入萬州，省龍渠縣入忠州。
明洪武四年（1371年），省武寧縣入萬州，六年（1373年）降萬州為萬縣，隸屬夔州府。
清仍隸夔州府。
1913年廢府后隸屬川東道。
1928年11月析萬縣城區(qū)置萬縣市，1935年10月裁撤萬縣市并入萬縣。
1935年6月，設置四川省第九行政督察區(qū)，管轄萬縣、云陽、開縣等8縣。
1949年12月15日川東行署區(qū)設置萬縣專區(qū)，并析萬縣城區(qū)設置萬縣市。
萬縣專區(qū)管轄萬縣市、萬縣、云陽、開縣等9個縣市。
1968年5月，萬縣專區(qū)改名為萬縣地區(qū)。
1992年12月11日，撤銷萬縣地區(qū)以及萬縣市、萬縣，設置萬縣市（地級市），設立龍寶區(qū)、天城區(qū)、五橋區(qū)。
萬縣市管轄3個市轄區(qū)和開縣、梁平縣、忠縣、云陽縣、奉節(jié)縣、巫山縣、巫溪縣、城口縣。
1996年9月15日，四川省委托重慶市代管萬縣市。
1997年3月14日，重慶市直轄，萬縣市正式劃歸重慶市管轄。
1997年12月20日，撤銷萬縣市及其所轄的龍寶區(qū)、天城區(qū)、五橋區(qū)，設立重慶市萬縣區(qū)，同時設置重慶市萬縣移民開發(fā)區(qū)（與重慶市萬縣區(qū)實行一套班子，兩塊牌子），代管開縣、忠縣、云陽縣、奉節(jié)縣、巫山縣、巫溪縣，梁平縣、城口縣由重慶市直管。
1998年2月20日，萬縣區(qū)設立龍寶管理委員會、天城管理委員會、五橋管理委員會。
1998年5月22日，萬縣區(qū)更名為萬州區(qū)，萬縣移民開發(fā)區(qū)更名為萬州移民開發(fā)區(qū)。
2000年6月25日，經國務院（國函〔2000〕88號）批準，撤銷萬州移民開發(fā)區(qū)，原萬州移民開發(fā)區(qū)代管的忠縣、開縣、云陽、奉節(jié)、巫山和巫溪縣由重慶市直轄。
2000年7月10日，按《中共重慶市委、重慶市人民政府關于調整萬州移民開發(fā)區(qū)和黔江開發(fā)區(qū)行政體制的實施意見》精神，萬州區(qū)所屬龍寶、天城、五橋（管委會）更名為龍寶、天城、五橋移民開發(fā)區(qū)。
2005年4月8日，經重慶市委、市政府《關于同意撤銷萬州區(qū)龍寶、天城、五橋移民開發(fā)區(qū)的批復》（渝委〔2005〕73號）批準，撤銷龍寶、天城、五橋移民開發(fā)區(qū)，由萬州區(qū)直接管理鎮(zhèn)鄉(xiāng)、街道。
沿用此名至今。