明代，屬云篆里。
清康熙四十六年（1707年），為孝里；清末，設(shè)魚洞場。
民國元年（1912年）初，魚洞場為鄉(xiāng)級(jí)政區(qū)；民國十九年（1930年），始建魚洞鎮(zhèn)。
1951年12月，魚洞鎮(zhèn)析置大窩鄉(xiāng)。
1952年3月，洞鎮(zhèn)析置石板鄉(xiāng)（小壩鄉(xiāng)）；同年10月，魚洞鎮(zhèn)劃歸重慶市第四區(qū)。
1953年2月，劃回巴縣。
1954年1月，巴縣人民政府遷駐魚洞。
1974年，設(shè)立巴縣魚洞區(qū)。
1986年1月，撤銷魚洞區(qū)，設(shè)立區(qū)級(jí)魚洞鎮(zhèn)。
2001年7月，魚洞鎮(zhèn)、百節(jié)鎮(zhèn)2鎮(zhèn)合并設(shè)立魚洞街道。