馬連洼街道成立于2000年3月30日。2002年，轄區(qū)面積5.5平方千米，戶籍人口4.2萬(wàn)人，外來(lái)人口3.2萬(wàn)人。2002年年初，街道正式接管了“撤村并街”的肖家河村。本年經(jīng)海淀區(qū)政府批準(zhǔn)建立萬(wàn)柳地區(qū)辦事處，將原樹村劃給萬(wàn)柳辦事處，12月接收京密引水渠以西原由東北旺鄉(xiāng)管理的黑山扈自然村。馬連洼街道辦事處原設(shè)17個(gè)社區(qū)，經(jīng)過合并、轉(zhuǎn)制和轉(zhuǎn)出，轄14個(gè)社區(qū)。
辦事處駐菊?qǐng)@小區(qū)內(nèi)東居物業(yè)北樓及聯(lián)萬(wàn)莊賓館3－4層，郵編100094。馬連洼街道2005年，西北旺鎮(zhèn)百草園地區(qū)、百旺新城地區(qū)劃歸馬連洼街道管轄。調(diào)整后新范圍：東至軟件園西路—東北旺西路—原馬連洼街道東部分界線，南至北五環(huán)路中心線，西至京密引水渠—西北旺新村西路，北至西北旺環(huán)路—后廠村路。