建國(guó)初期為山斗區(qū)芳干村;1953年為黃村鄉(xiāng)芳干村;1958年實(shí)行公社制,隸屬東風(fēng)公社黃村生產(chǎn)大隊(duì);1961年改置為芳干大隊(duì),隸屬黃村公社;1981年黃村公社更名為東洲公社,芳干大隊(duì)隸屬東洲公社;1983年4月,公社改鄉(xiāng),大隊(duì)改村,置東洲鄉(xiāng),改設(shè)芳干村;1992年撤區(qū)并鄉(xiāng),芳干村隨東洲鄉(xiāng)并入洪里鄉(xiāng);2004年鄉(xiāng)鎮(zhèn)區(qū)劃調(diào)整,芳干村隨洪里鄉(xiāng)并入商山鄉(xiāng);2008年嶺后村并入芳干村,隸屬商山鄉(xiāng);2010年3月,商山鄉(xiāng)改鎮(zhèn)建制,芳干村隸屬商山鎮(zhèn)至今。