1958年成立肥西旭光社侯店大隊。
1959年為合肥市肥西縣雙塘公社侯店大隊（雙塘公社原址在瓦屋村雙塘集，地名由東西兩個塘口得來）。
1975年為合肥市肥西縣雙塘公社與復興公社合并成立南崗公社，稱為南崗公社侯店生產(chǎn)大隊；1983年為合肥市肥西縣撤區(qū)并鄉(xiāng)南崗公社與陳橋公社合并，成立南崗鎮(zhèn)政府，1992年侯店生產(chǎn)大隊改名為侯店村民委員會；2006年區(qū)劃調(diào)整合肥市肥西縣南崗鎮(zhèn)侯店村民委員會改為合肥市蜀山區(qū)南崗鎮(zhèn)侯店村民委員會。