唐大歷元年(766),設(shè)立巖寺鎮(zhèn)。
南宋紹興二年(1132),詔命更名巖鎮(zhèn)(屬歙縣)。
1932年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn),復(fù)名巖寺鎮(zhèn)。
1949年后新設(shè)巖寺鎮(zhèn)。
1958年屬巖寺人民公社。
1965年5月,鎮(zhèn)、社分開單獨成立巖寺鎮(zhèn),為(歙縣)直屬鎮(zhèn),由巖寺區(qū)代管。
1983年,撤銷巖寺公社,恢復(fù)巖寺鄉(xiāng),與巖寺鎮(zhèn)合署辦公。
1985年7月,撤銷巖寺鄉(xiāng)建制,并入巖寺鎮(zhèn)。
1988年3月成立徽州市轄區(qū)。
1992年2月,撤銷羅田鄉(xiāng)建制,所轄村并入巖寺鎮(zhèn)。
2004年8月,歙縣鄭村鎮(zhèn)上朱村劃歸巖寺鎮(zhèn),沿用至今。
2015年8月,長源村、仙和村劃歸屯溪區(qū)新潭鎮(zhèn)。