解放前，曉南村屬于合肥南區(qū)曉星鄉(xiāng)，1955年成立初級農(nóng)業(yè)合作社，為煙墩區(qū)曉南大隊，1956年成立高級農(nóng)業(yè)社，為曉南大隊，1958年成立合巢人民公社，曉南屬曉星管理區(qū)，1961年，曉星管理區(qū)劃分為大圩、曉星兩個人民公社，曉南屬大圩人民公社，1968年大圩、曉星兩個合并，成立東方紅人民公社，曉南屬東方紅人民公社，1972年東方紅公社又分為大圩、曉星兩個公社，曉南大隊屬大圩公社，1978年合肥市區(qū)劃調(diào)整、大圩、曉星等公社劃歸合肥市郊區(qū)，曉南大隊屬合肥郊區(qū)大圩公社管理。
1983年社改鄉(xiāng)成立大圩鄉(xiāng)，曉南大隊改為曉南村委員會，1992年大圩曉星再次合并成為大圩鄉(xiāng)。
2007年鄉(xiāng)改鎮(zhèn)，曉南村政體至今未變。